Villa San Carlo Borromeo ima bogatu povijest. U 8. stoljeću prije Krista na ovom mjestu bilo je keltsko naselje, s Julija Cezar - predstražom Rimljana. Podigli su moćne utvrde koje su dugo bile neprekidne. Nakon toga Longobards su preuzeli tvrđavu, sve dok se u XIV. Stoljeću ova zemlja nije prepustila Viscontijevoj obitelji. Po njihovom nalogu sagrađena je lijepa renesansna palača.

Obitelj Borromeo se prvi put pojavila u povijesti vile krajem 17. stoljeća u vezi s dinastičkim brakom: Federico Borromeo oženio se Veronom Visconti. Federico je odlučio obnoviti imanje. Slučaj oca nastavio je sina Gilberta. Također je naredio novu postavku za vilu. Zauzvrat, njegov sin bio je sv. Carlo Borromeo, najpoznatiji predstavnik slavne obitelji. Borromeo je vlasnik vile do sredine XX. Stoljeća. Aristokrati su imali velike kontakte. Na primjer, u XVIII i XIX stoljeću, Diderot i Stendal bili su česti gosti u vili.

Tijekom Drugog svjetskog rata zgrada i park bili su jako oštećeni i dugo su bili zapušteni. Godine 1983, nekretninu je kupio talijanska organizacija Università internazionale del secondo rinascimento, koja je pronašla sredstva za restauratorske radove. Interijeri su obnovljeni, usredotočujući se na arhivske crteže. Situacija je podigla višeslojni, uglavnom antikviteti. Sada se vila koristi i kao hotel i kao mali privatni muzej. Ovdje se organiziraju i slavlja.